Neben dem fehlerhaften Update auf v9.0.0 existiert noch ein weiteres Problem mit der SX OS v2.9 Beta: Da der XCI-Loader nicht korrekt aktualisiert wurde, werden auch die Fuses der Game-Card-Firmware gebrannt, was eine Benutzung von Cartridges bei einem späteren Downgrade unmöglich macht.

Jedem sind sicherlich die eFUSES der Nintendo Switch bekannt, mit der Downgrades verhindert werden: Der Bootloader prüft dabei die erwartete Anzahl an Fuses mit der tatsächlichen Anzahl gegen. Sind zu viele Fuses gebrannt, wird nicht gebootet (Blackscreen), sind zu wenige gebrannt (nach einem Firmware-Update) aktiviert der Bootloader das Programmieren der Fuses. Der Fuse-Check wird üblicherweise bei Custom Bootloadern umgangen, daher ist das Booten einer älteren Firmware per Custom Firmware immer möglich, unabhängig von der Anzahl der gebrannten Fuses.

Wer später downgraden und das System ohne CFW starten will (bspw. für einen späteren, "bequemeren" Exploit), sollte darauf achten, nie Fuses brennen zu lassen (weshalb AutoRCM dafür empfehlenswert ist).

Das ist aber nur die halbe Wahrheit – es existiert noch ein weiterer Fuses-Check und zwar der für die Game-Card-Firmware. In seltenen Fällen aktualisiert Nintendo diese; so z.B. bei 4.0.0 und zuletzt eben auch bei 9.0.0. Wer also auf später mal downgraden will und dann auf der alten Firmware noch seine Spiele von Cartridge spielen will, darf den Game-Card-Treiber auf keinen Fall aktualisieren lassen – aus diesem Grund wird ein NoGC-Patch angewendet, der ebendieses Aktualisieren und das Brennen der Fuses verhindert.

Nun wurde in der SX OS v2.9 Beta der XCI-Loader nicht ordentlich aktualisiert, was dazu führt, dass trotzdem ein eFUSE gebrannt wird. Das bedeutet: Wird SX OS v2.9 Beta einmal auf 9.0.0 ausgeführt, ist es nicht mehr möglich, Cartridges auf einer älteren Firmware abzuspielen. Das ist besonders für Besitzer einer 1.0.0er-Switch relevant, da man dort nur per Puyo Puyo Tetris JPN in den Webbrowser kommt.