Das ging fix! Das Gateway-Team hat ein Update veröffentlicht, welches den EmuNAND 9.5 fixt.
(Ja, die korrekte Bezeichnung ist 3.0.4, nicht 3.04)
Außerdem gab man bekannt, das EmuNAND 9.5 und darüber vorerst nicht auf dem New 3DS unterstützt wird, der 2DS und der 3DS/3DSXL haben dieses Problem nicht.